記憶喪失の男・クナギ（猫好き）は行き倒れていたところを、ガク（猫好き）とカオル（猫好き）に拾われ、兄妹が営む猫カフェ「メゴコロ・ネコメ」で働き始める。そんなある日、猫カフェの常連客が突如、可愛い猫になってしまう。猫に触れると猫になる“ニャンデミック”が世界中で同時発生し、街は大混乱に…！

猫に触れると猫になるNNウィルスに感染したガクは、自分を置いて逃げるようクナギに妹を託す。”ニャンデミック”に陥った街は可愛い猫で溢れ、ガクとの別れを悲しむ間もなく、クナギ、カオル、タニシは安全な場所を探し求める。なんとかスーパーへ逃げ込む3人だったが、そこにはカオルの同級生ツツミの姿が…。

”ニャンデミック”発生により、日本政府も崩壊の一途を辿っていた。一方、スーパーで救助を待つ一行はカオル特製ねこまんまを堪能し、束の間の幸せなひと時を過ごす。しかし、どこからか入り込んでいた猫により、人々はまたたく間に可愛い猫と化し店内は大混乱！猫のたまり場となった店内から脱出する作戦とは…。

ツツミの超猫察知能力キャットセンスを頼りに猫たちを避けながら”ニャンデミック”の街中を移動する一行。可愛い猫を愛でたい誘惑に必死に抗いつつ、救助ヘリの目に付きそうな高いビルの屋上を目指す。ひとり囮となって猫の大群と遊び回るクナギのおかげでカオルたちはなんとか屋上に到着するも、救助ヘリは既に定員オーバーで…。

”ニャンデミック”発生から数か月後。世界は猫の手に堕ち、文明は崩壊し、人類は滅亡の危機に瀕していた。"ニャポカリプス"の到来である。クナギとカオルは、ツツミを追う途中で出会った少年アラタ（猫好き）に導かれ、ヴェンデルシュタインと呼ばれる砦に身を寄せていた。一方その頃、マーロウという男もまた…。

ヴェンデルシュタインをまとめあげるリーダー、グランマ（猫好き）の命により、ショッピングモールに向かうクナギら猫大好き一行。消息不明の仲間を探す任務を請け負う。一方、食料調達のためモールを訪れていたコウジ、レン、マサキのウォード親子（全員猫好き）は、可愛い猫たちに囲まれ危機一髪の状況に陥っていた…。

次から次へと個性的な可愛い猫が遊びかかってくるショッピングモールだったが、とりわけ特殊な1匹の猫がいた。なぜか人間の言葉を理解するその謎の猫は、クナギら猫大好き一行をレンとマサキが隠れている場所へと案内する。自分も拠点に連れていけと意思表示をする猫に、戸惑いながらもウキウキのクナギたちだが…。

物資調達を終えたクナギら猫大好き一行の前に、突如、背に猫を乗せた熊が立ちはだかる。しかしクナギは、それはもはや熊ではなく、凄まじい破壊力を持つ1匹の猫だと言い放ち、自らも猫の構えを取る。「人間のような猫」と「熊のような猫」との決闘である！そしてアラタもまた猫との「ラグナロク」を勃発させていた…！

グランマによってジョーンズと名付けられた謎の猫。メカニックのミツル（猫好き）が猫語翻訳機を作り、砦で共に暮らすことになる。果たして彼は人と猫との架け橋となるのか──。一方その頃、"ニャンデミック"サバイバーのユアとリホは、ブラック企業から解放されたことで、"ニャポカリプス"の世を謳歌しており…。

"ニャンデミック"のさなか、カオルたちと別れて避難所に逃れたツツミは、その後、超猫察知能力キャットセンスによって各地で英雄となっていた。ガンスリンガー（猫好き）やラストサムライ（猫好き）といった新たな仲間を得て、とある拠点に身を置いていたが、突然の可愛い猫たちの襲撃により壊滅。命からがら辿り着いた先とは…。

ツツミの超猫察知能力キャットセンスがヴェンデルシュタインに猫が迫っていることを感知した。グランマの指揮で万全の態勢を整える砦の面々。しかしそこに現れたのはライオン、ゾウ、ゴリラ、その他万象の生物と、その上に乗った可愛い猫の大群であった。さながら黙示録のようなその光景に誰もが言葉を失い、砦は最大の危機を迎える…。

次々に可愛い猫と化していく拠点の住民たち。スオウの裏切りにより意識を失ったクナギ。砦が落ちるのも時間の問題かと思われたその時、ヴェンデルシュタインに一匹の猫の鳴き声が響き渡る。それはジョーンズの力を借りたグランマによる最後の一手だった。種族を超えた猫会議によって、グランマはその場を収めるが…。